El proyecto de Becas San Miguel se encarga de solventar necesidades educativas de los niños y niñas de bajos recursos económicos en los barrios marginales de Tegucigalpa y en las comunidades rurales de todo el país. Los niños son seleccionados por medio de un proceso de visitas a su hogar familiar en las que se realiza un informe en el que se describe el entorno del niño, sus carencias, necesidades y se adjunta una foto. Se prepara una ficha que es enviada a España, Canadá o Alemania desde donde se inicia una búsqueda de Becantes para estos niños y niñas, ya sea de forma personalizada o como un socio colaborador.
La beca otorgada consiste en un paquete escolar con cuadernos, mochila, lápices, gomas, etc., provisión de alimentos (Al momento de resultar becado) el pago anual de matrícula, uniforme escolar completo, zapatos, cuota monetaria para compra de libros de texto y gastos de graduación (en caso de necesitarlo).
A cambio de esto, los niños becados anualmente escriben una carta de agradecimiento a sus padrinos y madrina además de una tarjeta navideña. De ambos documentos, son los jóvenes de la Populorum y el CCJ los realizan este proceso, movilizándose a las comunidades y colonias.
